ただし、法人税割の超過課税を実施している道府県または市町村に事務所または事業所を有する法人にあっては、その選択により、道府県民税及び市町村民税の控除限度額を法人税の控除限度額に実際に適用される法人税割の税率に相当する割合を乗じて得た額とすることができるとされている（地方税法施行令第9条の7第4項、同令第48条の13第5項、地方税法施行規則第3条の2、同規則第10条の2の4）。

この場合で、当該法人が2以上の道府県または市町村に事務所または事業所を有する場合は、法人税の控除限度額を当該法人の関係道府県または関係市町村ごとの法人税割の分割基準となる従業者の数であん分して計算した額に、当該関係道府県または関係市町村において適用される法人税割の税率に相当する割合を乗じて得た

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